根据专利法第三十五条的规定，专利局对发明专利申请进行实质审查。对发明专利申请进行实质审查的目的在于确定发明专利申请是否应当被授予专利权，特别是确定其是否符合专利法有关新颖性、创造性和实用性的规定。

　　在实质审查过程中，对于大多数发明专利申请，审查员均采用审查意见通知书的方式将实质审查意见告知申请人。如果能够针对审查意见通知书撰写出令人信服的意见陈述书，并修改出合格的申请文件，则申请就有可能在较短的时间内授权。因此，如何答复审查意见通知书是专利代理人的一项基本功。
　　根据审查意见通知书对申请文件的审查意见来看，大致可以分为两类，即存在形式缺陷和存在实质性缺陷；其中存在实质性缺陷又可分为不可克服的实质性缺陷和可以克服的实质性缺陷。
　　如果申请文件仅存在形式缺陷，那么通过对申请文件进行修改即可授予专利权；如果申请文件存在实质性缺陷将会导致专利申请被驳回，对专利申请的前景起决定性作用，因此，在阅读审查意见通知书时要特别重视其指出的实质性缺陷。
　　专利申请文件缺乏新颖性和/或创造性是常见的实质性缺陷之一审查员判断发明专利申请是否具备新颖性和/或创造性的主要依据是通知书中所引用的对比文件，仔细研读对比文件是理解审查员观点的基础。
　　在研读对比文件之前，首先需要明确对比文件的类型，如果对比文件为抵触申请，则只能用于评价新颖性，接着分析对比文件的技术领域与本申请的技术领域是否相同、相近或相关，本领域技术人员在解决本申请的技术问题时是否会去了解该对比文件所述领域现有技术的现状。
　　然后，逐篇研读对比文件，理解并分析对比文件所披露的技术内容，将它们分别与本申请权利要求的技术方案进行对比分析，必要时可以列表分析，如此可以更清楚，确定对比文件究竟披露了本申请权利要求中的哪些技术特征，而本申请权利要求中哪些技术特征还未被对比文件披露，只要存在对比文件未披露的技术特征，则本申请相对该对比文件具有新颖性。
　　通常对比文件1为审查员认定的与本申请最接近的现有技术，将对比文件1与本申请的技术方案，特别是权利要求所要求保护的技术方案，进行对比，确定哪些是本申请与对比文件1共有的技术特征，哪些是对比文件1未披露的技术特征，即区别技术特征，进而确定审查员的审查意见是否正确，如果审查意见有不准确的地方，需要指出来，并充分论述理由。
　　在上述基础上进一步分析区别技术特征是否在其他对比文件中披露或者是本领域技术人员在解决相同或相应技术问题时的公知常识，若区别技术特征在其他对比文件中披露，则需进一步分析该区别技术特征在该对比文件中所起作用是否与其在本申请中解决相应技术问题中所起作用相同，从而判断该对比文件是否给出将这些技术特征与对比文件1即最接近现有技术结合起来得出本申请要求保护的技术方案的启示。如果上述区别技术特征未被其他对比文件披露或者虽然被披露但是与对比文件1无法结合，又或者不属于本领域的公知常识，则本申请的技术方案相对于通知书中列出的对比文件具有创造性。
　　在上述分析的基础上确定是否需要修改专利申请文件，并且根据专利申请文件的修改撰写出具有说服力的意见陈述书。
　　将本申请特别是独立权利要求的技术方案与对比文件对比分析后，确定是否需要修改申请文件及怎样修改申请文件。
　　若不同意审查员的审查意见，即认为独立权利要求相对于通知书中引用的对比文件具有新颖性和创造性，则可以不用修改权利要求书。但是必须在意见陈述书中充分论述原独立权利要求相对于对比文件具有新颖性和创造性的理由。
　　若同意或部分同意审查员的审查意见，如原独立权利要求不具备新颖性和创造性，则应当对独立权利要求进行修改，可以将说明书中记载的可使申请具有实质性特点的技术特征增加到独立权利要求中，对其保护范围作进一步的限定，或者将通知书未做评论的从属权利要求上升为独立权利要求，同时对说明书作出适应性修改。在提交修改后的申请文件时，还应在意见陈述中论述修改后的权利要求具备新颖性和创造性的理由。
　　若经过对比分析后，认为原权利要求确实无新颖性和/或创造性，且说明书中也未记载任何可使申请具有突出实质性特点的内容，则需要将相关文件如审查意见通知书、对比文件等转发给发明人，并告知其情况，请发明人从技术人员的角度来判断本申请是否确实没有实质性特点的内容，同时也是给发明人一个缓冲认识的机会。若发明人提出了修改申请文件的修改方案，则应当根据发明人的指示尽可能在意见陈述书中论述修改后的权利要求具有新颖性和创造性的理由。